Javier Pemán es licenciado en Medicina y Cirugía por la Universidad Complutense de Madrid en 1981 y doctor por la Universidad de Valencia en 1991, especialista en Microbiología y Parasitología desde 1991 y Master Internacional en Enfermedades Parasitarias Tropicales por la Universidad de Valencia en 1994.
Ha ejercido como Médico de Asistencia Pública Domiciliaria, con plaza en propiedad, entre los años 1983 y 1988, y como responsable de la Unidad de Micología y Parasitología del Servicio de Microbiología, desde 1995 hasta la actualidad, en el Hospital Universitario La Fe (Valencia).
Ha sido vicepresidente, y posterior presidente, de la Asociación Española de Micología desde 2010 a 2022.
Su actividad profesional se centra en el campo de la Micología Médica, siendo organizador y profesor del Curso Anual Teórico-Práctico de Sensibilidad a los Antifúngicos, y del Curso Teórico-Práctico Básico de Identificación de Hongos Filamentosos, auspiciado por la Asociación Española de Micología y la Fundación Micellium.
Ponente en multitud de foros y congresos, ha impartido más de doscientas conferencias y participado en la redacción de más 20 libros entre los que destacan la Guía Práctica de Identificación y Diagnóstico en Micología Clínica, y la Aproximación Clínico-Diagnóstica de la Enfermedad Fúngica Invasora (distribuida por la Fundación Micellium).
En su tarea investigadora destacan las ocho Tesis Doctorales dirigidas y las 338 publicaciones científicas indexadas, mayoritariamente en revistas internacionales.
Ha sido investigador principal en varios proyectos multicéntricos de investigación nacionales y europeos y actualmente, es el investigador principal del Grupo de Investigación, Multidisciplinar “Infección Grave” en el Instituto de Investigación Sanitaria La Fe.